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今天是:2020年12月03日 星期四

论文解读--孔雀石绿处理后斑马鱼鱼卵的转录组分析

出处:公众号水生动物健康评估 作者:吴凡 万博manbetx官网sports万博manbetx官网手机版网 2019-11-06 11:35:00

今天和大家分享一篇文章:孔雀石绿处理后斑马鱼鱼卵的转录组分析,文章引用信息如下(DOI:10.1016/j.aquaculture.2019.734500):
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孔雀石绿是一种三苯甲烷染料,在万博manbetx官网sports万博manbetx官网手机版中,孔雀石绿曾经被广泛用于淡水鱼万博manbetx官网手机版业,以预防和治疗体外寄生虫和真菌感染。前期研究报道了孔雀石绿的毒性效应,但很少有研究探讨孔雀石绿的毒性机理。本文以斑马鱼为研究对象,从转录组水平分析了孔雀石绿对斑马鱼鱼卵的影响,借此探讨孔雀石绿对水生生物的毒性机理。结果如下:

illumina测序与质量评价

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孔雀石绿处理组和空白对照组构建了六个cDNA文库,总共获得了257,730,582bp数据,选取Q30百分比高于91.17%的一组用于后续分析。

与参考基因组的比较分析

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对照组和孔雀石绿处理组之间的数据比对结果显示:可比对到基因组和未比对到基因组的reads具有显着差异(p <0.05),这表明孔雀石绿可能已经诱导了卵的遗传毒性。

DEG分析

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与对照组相比,经孔雀石绿处理组结果显示:共发现2436个DEGs,其中1376个DEGs显著上调,1060个DEGs显著下调。DEGs被注释到322条已知的kegg通路。然而,只有氨基酰tRNA生物合成通路显著富集。
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变异分析

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变异分析显示两组间的indel数(核苷酸的插入和删除)无显著性差异(p>0.05)。实验组与对照组的单核苷酸多态性数(snps)和总变异数(snp+indel)有显著差异(p<0.05)。表明孔雀石绿导致基因变异。

利用qRT-PCR进行DEG验证

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qRT-PCR分析基因的表达水平与RNA-Seq的结果一致。表明RNA-Seq结果总体上是可靠的;然而,还需要进一步的研究来明确其毒性机理。

总结:
本研究从转录组水平探讨了孔雀石绿对斑马鱼鱼卵的影响。在与参考基因组的比较分析说明孔雀石绿对鱼卵具有遗传毒性作用。通过DEG分析确定孔雀石绿影响了斑马鱼鱼卵基因的表达。变异分析结果表明孔雀石绿通过snp变异导致基因变异。

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